Avogadro เป็นโปรแกรมการสร้างและออกแบบของสารขั้นสูงทั้งโมเลกุล แบบจำลองชีวสารสนเทศศาสตร์ สื่อวิทยาศาสตร์, โปรแกรมมีความยืดหยุ่นในการใช้งานเป็นอย่างดี เหมาะสำหรับวิชาวิทยาศาสตร์โดยเฉพาะเคมีและชีววิทยา
โปรแกรม Celestia เป็นโปรแกรมประเภทสถานการณ์จำลอง โดยจำลองสภาพของอวกาศ ผู้ใช้งานสามารถท่องไปในอวกาศ กาแลกซี ดาวฤกษ์ ดาวเคราะห์ดาวหาง ดาวเคราะห์น้อย ต่างๆ มากกว่า 100,000 ดวงได้อย่างใกล้ชิดในลักษณะของภาพสามมิติ ที่มีการเปลี่ยนแปลงเสมือนจริงตามเวลาที่เปลี่ยนไป
ประกอบด้วยเครื่องมือในการคาด การณ์ของการแสดงผลแบบ 2 มิติ และ 3 มิติของโครงสร้างทางพันธะเคมี สามารถเขียนและออกแบบเป็นโครงสร้างพร้อมการสั่งพิมพ์ออกทางเครื่องพิมพ์
Drosophilab เป็นโปรแกรมจำลองการทดลองเรื่องยีนและโครโมโซม โดยใช้แมลงวันเป็นสัตว์ทดลอง จุดมุ่งหมายเพื่อศึกษากระบวนการที่เกี่ยวกับยีนและโครโมโซมในลักษณะต่าง ๆ เช่น การถ่ายทอดมรดกโครโมโซมจากพ่อแม่ไปยังรุ่นลูกหลาย ๆ รุ่นการเกิดปรากฏการณ์Crossing-over หรือ Linkage ซึ่งการจำลองการทดลองดังกล่าวสามารถ ประหยัดเวลามากกว่าการทดลองจริง ที่ต้องสิ้นเปลืองทั้งการเพาะพันธุ์สัตว์ทดลองและการรอสังเกตผลการ เปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้น โปรแกรม Drosophilabสามารถให้ผู้เรียนทดลองแก้ไขและปรับแต่งยีนและโครโมโซม แล้วนำเสนอผลการทดลองที่ส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงลักษณะทางกายภาพของสัตว์ ทดลองในรูปแบบภาพกราฟิก 3D ทั้งแบบย่อพร้อมรายละเอียดยีนและโครโมโซม และแบบเต็มจอภาพ
โปรแกรม GeniusMaker เป็นโปรแกรมทางฟิสิกส์ เคมี และคณิตศาสตร์ซึ่งจัดทำโดยGolden K Star .com สามารถใช้ได้ในรูปแบบ Free Editionจำนวน 9 รายการโดยไม่ต้องทำการลงทะเบียน และอีกจำนวน23 รายการที่จำเป็นต้องลงทะเบียนเพื่อใช้งาน แต่ยังคงมีข้อดีที่สามารถใช้ประโยชน์ในค่าพื้นฐานที่โปรแกรมอนุญาตให้ใช้ได้ โปรแกรมบางรายการเป็นการหาค่าทางคณิตศาสตร์ บางรายการเป็นการจำลองการทดลองโดยกำหนดเงื่อนไขสามารถใช้เมาส์คลิก ลาก หรือเติมจำนวนตัวเลขลงไปเพื่อสร้างเงื่อนไขการทดลองหรือการหาค่าทางสถิติทาง คณิตศาสตร์เหมาะสำหรับนักเรียนช่วงชั้นที่ 3 และ 4
Toribash เป็นเกมต่อสู้สนุกๆ ที่ผู้เล่นต้องออกแบบท่าการต่อต่อสู้ เสริมความรู้ด้านฟิสิกส์เบื้องต้น
เป็นโปรแกรมแสดงตารางธาตุที่ มีความสามารถสูง มีการแสดงรายละเอียดของธาตุที่ครอบคลุมถึง Atomic number, Atomic weight, สัญลักษณ์, สมบัติทางเคมีปฏิกิริยาทางเคมี ลักษณะทางกายภาพ ภาพตัวอย่างของธาตุ ประวัติการค้นพบและอื่นๆอย่างหลากหลาย
The Physics Education Technology (PhET) เป็นโครงการของ University of Colorado at Boulderซึ่งเป็น Website ที่จัดทำโปรแกรมจำลองการเรียนการสอนฟิสิกส์และเคมีรวมทั้งแหล่งเรียนรู้ซึ่ง สามารถใช้งานได้โดยตรงที่ Website ของ PhET : http://phet.colorado.edu/index.php มีความสะดวกที่จะนำไปใช้เพื่อ การเรียนการสอนในชั้นเรียน สถานการณ์จำลองต่าง ๆ ที่สร้างขึ้นจัดสร้างเป็นภาพเคลื่อนไหว ที่มีปฏิสัมพันธ์และบางสถานการณ์จะมีลักษณะคล้ายเกม ผู้เรียนสามารถเรียนรู้จากสถานการณ์จำลองต่างๆเหล่านี้ และโปรแกรมได้เน้นให้เห็นถึงปรากฏการณ์ที่เกิดขึ้น ซึ่งสามารถทำให้นักเรียนเห็น ภาพและเกิดความคิดรวบยอดตามที่ผู้เชี่ยวชาญได้ออกแบบไว้สถานการณ์จำลองใน PhET simulation นี้ สามารถแสดงให้เห็นในส่วนที่ตาปกติของคนเราไม่สามารถมองเห็น เช่น การเคลื่อนที่ของคลื่นเสียง ,สนามแม่เหล็ก, atoms,electrons, photonsซึ่งผู้ใช้จะพบกับภาพกราฟิกและสามารถ Click mouseและ/หรือ Drag Mouse เพื่อกำหนดค่าที่เป็นเงื่อนไขของการทดลองหรือสร้างสถานการณ์ได้ด้วยตนเอง ภาพที่ได้มีความพิถีพิถัน
โปรแกรม Stellarium เป็นโปรแกรมประเภทสถานการณ์จำลอง (Simulation) โดยจำลองสภาพท้องฟ้า และดาว จากสถานที่และเวลาตามที่ผู้ใช้กำหนด ผู้ใช้สามารถศึกษาดาว กลุ่มดาว เนบิวลา กาแล็กซี หรือสืบค้นข้อมูลวัตถุบนท้องฟ้าที่สนใจได้เปรียบเสมือนมีท้องฟ้าจำลองเป็นของตนเอง
โปรแกรม Virtual Lab Simulation เป็นโปรแกรมสำหรับการจำลองการปฏิบัติการทดลองทางเคมีซึ่งสามารถทำการทดลอง ได้เสมือนการทดลองจริงในห้องปฏิบัติการโปรแกรมได้จัดเตรียมเครื่องมือวัสดุ อุปกรณ์สำหรับห้องปฏิบัติการเคมีไว้อย่างพร้อมเพรียง ทำให้นักเรียนสามารถปฏิบัติการทดลองอย่างหลากหลายได้ด้วยตนเอง จากธาตุมาตรฐานที่กำหนดให้มากกว่า 100 ชนิด
โปรแกรม Virtual Microscope เป็นโปรแกรมที่ประยุกต์จาก Java เพื่อรองรับภาพที่ต้องการความละเอียด คมชัดสูงจากกล้อง Electron Microscope โดยเราสามารถนำภาพที่ถ่ายด้วยกล้อง Microscope แบบต่าง ๆ มาวิเคราะห์เพื่อดูรายละเอียดหรือหาธาตุต่าง ๆ ที่มีจากภาพที่เราถ่ายมา โปรแกรมมีตัวอย่างภาพที่ถ่ายจากกล้องMicroscope 3 แบบด้วยกัน